是的, 潜入潜水艇的确实是玛丽。
不过 ，玛丽并没有易容，没有用面具, 只是用防水化妆品简单改了面貌, 染了头发穿了更高的鞋子（这个下海以后也脱掉了）。赤井变成玛格丽特时和自己母亲相似，却没有到一模一样的程度, 因此赤井提前提醒她注意避开其他人。
和柯南迅速会面时是夜晚, 交接雪莉后就直接跳海，因此玛丽能维持住自己的身份, 但遇到潜水艇上的组织的人, 大概率就会被确认为“不是玛格丽特而是长得像玛格丽特的人”。
“不需要你提醒我这种事。”玛丽低气压道，“我在生下你的时候就已经是特工了。”
赤井闻言便眨了眨眼，将自己的变声器借给玛丽用。
获得更年轻的身体以后, 玛丽的行动力其实得到了增强。她的格斗能力确实因为身体骨骼和肌肉变少而下降了，但是更轻的体重和更有活力的身躯让她更加敏捷。
她很快找到了潜艇鱼雷的通道口。方才波本和贝尔摩德也是通过这个通道将直美带进来的。潜艇直接打开入口动静就太大了，而这个通道口算是一个安全阀门,用这里进出对组织的人来说更方便——那么对玛丽也是一样的。
这个型号的潜艇图纸她是看过的，从前她也做过盗取潜艇，飞机图纸这类的任务。组织拿来用的自然不是最新款的潜艇, 所以各国主要工作是行动的特工大多看过这款潜艇的图纸。
要抓紧时间,她这么想着,很快潜入了潜艇。
那个叫伏特加的家伙声音很大 ，但行动反而最好避开。名为基尔的CIA卧底身上有伤,呼吸声和别人不一样。最棘手的是波本和贝尔摩德，不过 ，在知道她潜入后，波本应该会帮她打掩护……吧
玛丽想了想,认为自己不能将联合调查小组看得太重。虽然不孝子说过波本可以信任，但她反而是很多疑的性格，只相信自己 。
她干脆将伏特加当作自己的掩护，并且轻易就从伏特加和琴酒的汇报电话中推测出了直美所在的位置。
自己大儿子居然和那个琴酒有那种关系……真是每次想起来都叫她怒火中烧。
玛丽又听了两句对话，不由得开始怀疑伏特加的能力：到底是就这个能力还是在扮猪吃老虎呢
她愈发警惕起来，跟了伏特加一段路，才在伏特加的视觉死角找到直美所在的房间。房门当然是上锁的，但是用铁丝可以打开——如果以后换成了智能系统，那或许开门的方式会变得更难，也可能变得更简单，比如开发出万能开锁软件直接破坏智能锁的程序。
玛丽进去又反手关门的时候，直美吓了一跳。
没了鞋子的玛丽看上去个子小小的，脸庞还有些稚嫩，一看就是未成年人，所以直美吓一跳以后睁大眼睛：“你也是被她们抓来的人质吗”
“MI6，负责救你的人。”玛丽拿出自己的证件。
直美不由得露出“MI6居然用童工吗”的表情。
另一边的波本找到一半就打算借助这个机会送直美离开，因此他悄无声息回到了直美所在的房间。他当然不会把希望放在玛格丽特身上，毕竟他和玛格丽特只是普通合作，在目的相同时都更倾向于将对方清理出场由自己完成目的——雪莉假死计划就是如此。
不过 ，在他走到门边时，他听到了里面玛丽和直美的对话。
“说起来，玛丽小姐和志保也长得有点像。我面对那些人时矢口否认，但是我知道自己开发的程序……我对这个程序有着绝对的自信！那就是志保小时候的样子。这个世界上原来真的存在那么像的两个人……比较起来，玛丽小姐，你和志保只是在骨骼和轮廓上有相似度，感觉是志保的亲属呢。”
“对不起，突然说这些。只是……只是志保突然就没有消息了，我一直想要找到她。当时在美国读书时，都是日本人的我们被美国人欺负，但是志保就完全不会因为被孤立而自卑，反而非常骄傲……我一直想对她说，那时候的她是我坚持下来的动力，是我崇拜的人。”
玛丽听完陷入沉默。
然后她说：“志保算是我的……妹妹吧。她的母亲，是我的母亲的妹妹。不过，我们的父母之间很久不联系了，所以我一开始并不知道她是我的妹妹。等我知道的时候，她已经处在很危险的情况中了。”
多少记得“玛格丽特”的身份是自己大儿子的妹妹的玛丽一面回想着自己得到宫野姐妹消息时的心情，一面露出有些惆怅的表情：“不过，她现在在很安全的地方，放心。”
如果是玛丽变小前，她绝不会说出这番话。但变成初中生似乎也让她变得比原先心软了，处理事情的手段也更加……灵活一些。而直美是个真正的普通人，还是个毫不客气被特工机构当做诱饵的普通人……见到直美，她就想起在自己不知情情况下陷入危险境地的妹妹，和妹妹的两个孩子。
她一直很愧疚。
此时，听到这番话的波本瞳孔地震。
什么意思，妹妹 ！等一下，玛格丽特是志保的姐姐的话，那赤井秀一那家伙……居然是艾莲娜医生的亲属 ！
倒是直美，听到玛丽的话后没有太惊讶，只是露出迟疑的表情：“妹妹可是玛丽小姐看上去年龄很小啊。是同辈的话，应该志保是姐姐吧”
“……这只是必要的伪装，用这个模样比较好行动。我是成年人。”玛丽嘴角抽搐道，“世界上不可能会有正经组织雇佣未成年人的……抓你的这种非法组织除外。”
门外的波本听着门内的两个人已经开始计划通过鱼雷出口逃出潜艇，深深吐出一口气 。
他现在情绪不太稳定，因此只站在门口调整自己 。他原本打算闯进去，但玛格丽特是艾莲娜医生亲属的消息让他一时间心神震动。他认为这时候去直面玛格丽特，会直接落在下风。
而且他认为门内两个人的办法很有可行性，直美也更信任玛格丽特而不是自己这个刚才还站在组织这边的“坏人”。与其让直美见到自己以后应激，不如让玛格丽特将直美带走，他现在也没办法离开潜艇。
下定决心的波本退开一些，弄清楚组织其他人的位置，准备帮忙引开人。
他制造了一些混乱，并帮忙引走了基尔和贝尔摩德，再回来时发现果然玛格丽特已经带着直美走了。
而并不知道混乱是他制造的组织其他人则是不同的反应：贝尔摩德看上去对抓住直美或者抓住玛格丽特不是很有动力，在划水；基尔则假装因为受伤行动力不足，找人非常敷衍；只有伏特加一心要找到直美，却没有任何收获，还是开潜艇的人告知伏特加，鱼雷通道口有人。
伏特加正要下令让开潜艇的人打开鱼雷，让里面的人直接死在那里，潜艇就又是一震，而后再用系统查找时，潜艇里已经没人了。
看来是成功出去了，波本松了口气 。
伏特加连忙向琴酒汇报直美逃走的事，这时候老早编辑邮件给 BOSS的贝尔摩德收到了BOSS的回信。她将回信公布给潜艇上的其他人，意思是她早就测试过认为这个系统没有用， BOSS已经放弃用这个系统做另外的事了。
“不过， BOSS认为，’太平洋浮标’这个机构还是有些危险，所以……”
“下一个任务，就是炸掉’太平洋浮标’。”琴酒在电话里接话道。
他冷笑：“准备用鱼雷攻击’太平洋浮标’。我马上会上潜艇，之后由我来接应平加……你们可以提前撤离了。”
他主要要求的是贝尔摩德。贝尔摩德手上肯定还有其他确保“太平洋浮标”一定会被摧毁的王牌，就算他不这么说也会提前离开潜艇。至于波本和基尔……哼，算是给这两只老鼠一个联络人员撤离的时间吧。伏特加就得留下来了，琴酒打算自己带着伏特加，免得一不小心小弟就死在其他地方。
至于他自己 ，他当然是要上潜艇的，否则潜艇炸了的时候只有他自己在直升飞机上就显得很“突兀”。至于会不会因此陷入危险，如果赤井秀一那家伙是用手持的反潜艇武器，那他只能选择打潜艇的关键位置，那么他站在潜艇舱体里就不会有危险。而且，他还需要用潜艇来“接应”平加，并且借助潜艇的摧毁……让平加尸骨无存！
琴酒想，如果赤井秀一遇上绝对能杀死我的场合，他应该也不会留手。
他也不会给赤井秀一这种机会。
像是那种，让人把枪顶在自己额头上的做法……琴酒又想到那一幕，在来叶山上的那天晚上，眼神微变：那种做法，他是绝对不会苟同的。
这个想法如果让赤井知道，赤井大概会说，如果我不这么做，老大你怎么会一步步退让到这种地步。
用全部做赌注，赌赢的话便能得到全部。这就是赤井秀一的法则。
此时的平加，已经被柯南在 “太平洋浮标”上叫破身份。虽然没抓到雪莉，但光明正大抓人又被追的监控一旦放出去依然会暴露他的身份，所以平加不得不清理掉这段监控。而本身，他在 “太平洋浮标”上还留下了收了他的钱所以做事的“证据”，他必须回来清掉这个证据，这让平加露出了更多破绽，并被柯南找到。
被“太平洋浮标”上的警察追着的平加在离开潜艇的最后叫破了柯南的身份。他不知道贝尔摩德已经咬死了跨龄识别程序的“没用”，而是从跨龄识别程序的结果中得出“柯南就是工藤新一”的结论，并打算将这个结论用来打击琴酒。
柯南被识破身份，并且一路追平加，却还是被平加逃进了海里。柯南原本还打算继续找平加，却接到了波本打来的提醒他撤离的电话。
一开始，“太平洋浮标”的负责人还打算用诱导弹拦截鱼雷，但最后失败了。于是他只能宣布在里面的工作人员全部紧急撤离。
“太平洋浮标”被摧毁了，已经和公安上司汇合的波本打算找到在海上的平加——是有机会的，在组织接应他之前提前抓住他！
而这时候，赤井已经到达了。
他打开了琴酒给他发的信息，里面有着一个坐标。
“…… Ho ，让我看看这个坐标是真是假。”他低声道，“虽然我不只能打一次，但是第一次失败，就意味着这是个错误的坐标……”
他按下了扳机。