最后的决战, 在所有人都未曾预料的时机爆发了。
组织代号成员们，在朗姆被抓，消息传开后开始有另寻退路的迹象, 外围成员也因此闹出了许多乱子, 有的趁机脱离组织，有的则找到警察试图“投诚”。琴酒也因此得到了一系列名单。 BOSS希望他做一个真正的清道夫, 让这份名单变成“死亡名单”。
并且, 到了这个时候，真正忠于BOSS的人也出现了。
他,他们,当然不是Top 10 ，而是隐于暗中的，直属于BOSS的存在。
琴酒被安排了任务。杀死这些组织的叛徒对他来说是令人愉悦的工作,官方也不会阻止他这么做，因此琴酒一时间变得忙碌起来，也就没能第一时间察觉到组织的变化。
而那些 BOSS的暗中力量, 原本也就只有组织最古老的那些成员知道一些大概。年龄在五十岁以下的都不知道他们存在——那是BOSS从乌丸家族带出来的，在日本的新时代变革还未完成时还存在的，只属于乌丸莲耶的“家臣”（或者说是暗卫）。
是只会在电视剧和小说里出现的东西。
组织后来的杀手训练营,试图训练的也是类似的存在。但哪怕是从杀手训练营里走出来的琴酒,和其余代号成员,对乌丸莲耶也不再有那种真正的忠诚。那是只属于旧时代的糟粕，随着时间过去也再难出现在世上。
这些人在社会上的身份也都“死亡”了,没办法易容因此只是简单做了伪装。
他们被派出去确认从前的合作伙伴是否可靠。
其中的一部分被组织从前的合作伙伴直接出卖，但他们在吐露出机密之前就直接死去。另一些则发现了朗姆在回到组织之前在调查的东西，将注意力放在了毛利侦探事务所上。
柯南在放学后发现了在毛利侦探事务所周围出现的可疑人物，也听到了他们的讨论。
他意识到这是个机会, 于是冲了上去。
雪莉试图阻拦他，但当然失败了。柯南试图跟踪这些他认为可疑的人，结果被发现了。他被这些人打晕带走，而说了“不管你”这种话的雪莉却还是偷偷跟在了后面，看到了这一幕。
雪莉用手捂住了自己的嘴，陷入应激状态。
她看着那些人带着柯南开车走远，第一反应是联系阿笠博士，之后又联系了玛格丽特。
阿笠博士联络了工藤优作，工藤优作又打电话给赤井，这时候赤井已经用玛格丽特的身份和雪莉聊过了。他安慰了雪莉，让雪莉保护好自己后，又接到了工藤优作的电话。
“我会想办法将他带回来的。”他对工藤优作说，“工藤先生也最好和阿笠博士待在一起。新一君身上带着阿笠博士给他准备的道具。或许新一会想办法通过道具留下信息。”
联合调查组那边还在试图通过自杀的陌生人们身上的线索去摸到组织的关隘，被组织威胁到的从前组织的合作人员也因BOSS派出来的这些人而改变了立场。他们并不认为这是BOSS的“示弱”，而认为这是BOSS的“威胁”，因此一个个都下定决心——也因为他们认为，这时候再和组织合作已经没办法利大于弊了，那么切割掉和组织有关的负资产，才能让家族或者产业后续的发展更加顺利。
赤井知道联合调查组的进度。
调查组预计的最后行动还在做准备。
对他们来说，自然是毕其功于一役最好。
所以赤井没有打报告，只是打了一个电话给詹姆斯，告诉他柯南被组织的人抓了，他去想办法救柯南。
詹姆斯也很喜欢柯南，闻言自然追问柯南的情况，并且说了“你去救柯南吧行动许可和报告我这边解决”这样的话。
这时候谁都没有预料到，柯南会被这些 BOSS的鹰犬发现不对劲，直接带去了组织BOSS的所在地。
理由也很荒谬：这些人认为一个小学生不应该如此聪慧。他们追随组织BOSS ，知道太多组织的秘密，第一反应就是采集了柯南的血样，做了组织里许久未曾做过的“血样测试”。先是用试纸，试纸发生反应后他们带着柯南去找了组织一个隐秘的医疗据点，借助仪器做了进一步检测。
是阳性。
这个血样测试是赤井作为玛格丽特时做过的那个，朗姆也是因此才将他放到琴酒手下，并一直让琴酒注意着。
让血样发生反应的，是某种只存在于特殊泉水中的物质。
赤井掉入的是能让他变成玛格丽特的泉水，功效只有变性，因此只有玛格丽特的血会有血样反应，并且反应能力很弱，反应程度只指向“泉水”。组织从前寻找过特殊泉水，知道世界上存在各种效果特殊的泉水，而其中只有一种是BOSS需要的，其余泉水都无用，所以后来朗姆也没有再追查玛格丽特，甚至属于“泉水”的实验资料都被琴酒拿走了。
甚至琴酒和库拉索接受过的身体素质提升实验，也利用了泉水里的物质，只是量很少，并且是另一种特殊泉水，所以他们只保留了头发变银这个“后遗症”。
但柯南的血样引起的反应很强，阳性以外，需要注意的反应数值非常高。
因为最初“银色子弹”能成功的关键，就是某种特殊泉水里的活性物质，所以之后每一代的“银色子弹”都沿用了这个物质。上一个能让血样发生如此剧烈反应的，是贝尔摩德的血样。
所以这些 BOSS的鹰犬直接有了结论：柯南是个从“银色子弹”实验里活下来的人。
至于这个人是谁，他们并不关心。他们认为这是近阶段BOSS所需要的人，便直接决定将柯南带到BOSS眼前。
让BOSS的试验后遗症得到缓解，或者让现在BOSS用的药得到更新，又或者最起码，让BOSS现在有办法在众人面前露面。
是的，BOSS没有露面，不是他不想 ，而是他做不到。
贝尔摩德不是第一个“银色子弹”的试验品。
不全是。
最初BOSS因意外掉入了一个特殊的泉水，获得了一种特殊能力。后来，他为了达成长生的目标，不断去寻找世界上其余存在的泉水，又找人研究他找到的泉水。但他最初落入的泉水效果，和他想要利用的泉水效果冲突了，“银色子弹”最初是为了缓解效果冲突而研发出来的药，后来则是不断提取某种能让人长生的泉水的有效物质，去研制人类身体能承受这种效果的药。
贝尔摩德因“银色子弹”而痛苦，但BOSS的痛苦只多不少。
只是，BOSS是不会因为这些痛苦就放弃的。他的野心一直在燃烧，哪怕身体上有痛苦也不妨碍他不断发展组织，不断网罗研究人员，不断做新的尝试。
甚至这次，哪怕组织已经遍布乱象，在BOSS看来，只要他解决了自己的问题，再壮士断腕，将那些不良资产切割掉，他依然能带领组织东山再起。那时候组织不再是组织，原有的组织可以作为快要腐烂的饼丢给官方机构吞食，而他带着有能力也值得信赖的几个下属重新建立新的组织。
BOSS的想法自然也是一直跟着他，不在外出现，和 BOSS一起沉寂下来的，他的秘密下属们的想法。
当然，这些人到底许久未曾出现了，也不太适应日益变化的现代社会，行动能力也不算强。他们同样接受了实验，虽然年龄很大但看上去只是中年人，但身上都透露出腐朽的气息。
于是他们的行踪被贝尔摩德发现了。
贝尔摩德这段时间本来就一直盯着柯南和小兰，不希望他们出事，所以柯南一被带走，贝尔摩德就发现了不对。她马上跟上去，很快发现了柯南趁势留下的暗号。这些人带着柯南去检测血样，绕了一些路，柯南苏醒后见势不对就留下了暗号。
她对解暗号并不在行，思考再三还是联系了琴酒。
“我以为这种时候你会找波本。”琴酒说。
贝尔摩德沉默两秒，说：“那还不如我直接去找赤井秀一。琴酒，我不是在试探……你应该不是在欺骗赤井秀一的感情吧”
她在问的，其实是“你应该不是假装改变立场吧”。
琴酒发出嘲讽的哼声。
柯南的暗号并不是发给贝尔摩德的，只是留下了痕迹。他的真正收信目标是赤井。他利用博士的道具留下了信息，因此博士也同步收到了暗号。
这时候，工藤优作已经和阿笠博士汇合了。他一眼解出了暗号，自身开始行动的同时也联系了赤井。他们交流了暗号的答案，决定分别出发。
“虽然我的行动能力并不强，但我也是一个想要保护孩子的父亲。”工藤优作说。
他不打算正面进攻，而是打算从隐蔽处搜集线索，尽力推理 ，想办法帮助赤井更快找到自己的孩子，并找到可利用的空隙。
赤井和琴酒没有联络。
但他们都猜测，对方或许也获得了相应的情报。
但那家伙应该不会保护一个和他无关的小孩吧，哪怕贝尔摩德很可能求助……赤井这么想着。
而琴酒很确定，既然贝尔摩德获得了暗号，那赤井肯定也获得了暗号。
“我正好有时间。”他对贝尔摩德说。
贝尔摩德反而警惕起来：“你打算做什么我可不觉得你想帮我。”
“那个小鬼的身份，你以为我不知道吗我已经视而不见好多次了。如果我想要杀死他，杀死工藤新一，我有的是机会。”琴酒直接将话说开，“那个小鬼有种特殊的能力，吸引案件，吸引……组织成员。那些人应该在他身上发现了一些东西，所以一定会将他带去足够隐秘的地方。你可以去保护那个小鬼，我想要的，是另外的东西。”